Hav omfatter havområder i norsk økonomisk sone og defineres som området mellom 1 og 200 nautiske mil utenfor grunnlinja. Hav omfatter her ikke norsk økonomisk sone rundt Svalbard og Jan Mayen. Havet er delt i to hovedøkosystemer; havbunn og hav-pelagisk (åpne vannmasser), men ved beregning av Naturindeks for Norge 2020 er bunnsystemene og de åpne vannmassene slått sammen.
Kystvann regnes som alle indre farvann og sjøområder ut til en nautisk mil (1852 m) utenfor grunnlinja, som trekkes mellom kystens ytterpunkter. Avgrensningen mot hav er den samme som i vannforskriften og er en praktisk grense som vil bli benyttet i framtidig miljøovervåking av norsk kystvann. Kystvann omfatter naturtyper i saltvann og brakkvann og kan deles i to hovedøkosystemer: kystvann-bunn og kystvann-pelagisk (åpne vannmasser), men ved beregning av Naturindeks for Norge 2020 er bunnsystemene og de åpne vannmassene slått sammen.
Ferskvann omfatter både frie vannmasser og bunnområder, rennende vann (bekker og elver), og stillestående vann (dammer, tjern, innsjøer). Ferskvann finnes både ovenfor og nedenfor skoggrensa, mens kilder inngår i våtmark.
Våtmark kjennetegnes ved grunnvann nær overflaten, og består av områder som danner en naturlig funksjonell enhet (et våtmarksmassiv). Våtmark omfatter myr og kilder både over og under skoggrensa, og sumpskog.
Skogarealene i naturindeksen omfatter all skog, unntatt sumpskog, inkludert bjørkeskog som vokser opp mot fjellet, og hogstflater som kan være uten skog en periode. En del av dette arealet består av skog som ikke er økonomisk drivverdig, f.eks. fjellbjørkeskog og skogkledde myrer. Det produktive skogarealet omfatter ca. en fjerdedel av landarealet.
Fjell omfatter alt areal over skoggrensa unntatt breer og annen snø- eller isdekt mark. Ras- og skredområder over skoggrensa inngår også i fjell. Våtmark og ferskvann er definert som egne økosystemer og inngår ikke i naturindeksen for fjell.
Åpent lavland omfatter alt åpent landareal nedenfor skoggrensa med naturlig og semi-naturlig vegetasjon. Dyrka mark, bebygd areal og annet areal med kunstige økosystemer inngår ikke i åpent lavland. Åpent lavland består i hovedsak av semi-naturlig hei og eng, der naturtypens karakter er formet gjennom langvarig ekstensiv beite og slått. I tillegg inngår åpne naturlige økosystemer som ras- og skredområder og andre naturlig åpne arealer under skoggrensa. Per 2020 inngår ikke indikatorer for disse naturlige økosystemene. Naturindeks for åpent lavland avspeiler derfor tilstanden for biologisk mangfold i semi-naturlige økosystemer i lavlandet.
